Im Auftrag des Vorsitzenden bereitet die Geschäftsstelle die Sitzungen der IT-Kommission des Landes Sachsen-Anhalt vor, koordiniert die Arbeit und die Umsetzung der Beschlüsse sowie alle Aktivitäten der Kommission. Weiterhin unterstützt die Geschäftsstelle die Vorsitzenden bei der Terminabstimmung und den laufenden Arbeiten.

Die Geschäftsstelle der IT-KOM LSA wird in 2023 neu organisiert. Derzeit ist die kommissarische Geschäftsstelle an der Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg angesiedelt: